اهداف سازمان دامپزشکی کشور:
1. تأمین بهداشت، سلامت و فراهم کردن رفاه دام ، کنترل، پیشگیری و مبارزه با بیماری‌های دامی.
2. تأمین و تضمین بهداشت و سلامت فرآورده‌های دامی.
3. پیشگیری و مبارزه با بیماری‌های مشترک انسان و دام.
4. راهم کردن شرایط ورود به بازارهای جهانی، توسعه پایدار و سرمایه گذاری در بخش دام
5. اجرای الزامات ، مقررات و دستورالعمل های بهداشتی سازمآن‌های بین المللی مرتبط
وظایف اساسی سازمان دامپزشکی کشور:
1. سیاست گذاری،برنامه ریزی،تدوین ضوابط ومدیریت شبکه های مراقبت بیماری‌های دامی نظیر شبکه های ملی مراقبت بیماری‌های حیوانی (خاکزی)، بیماری‌های حیوانی(آبزی) و بیماری‌های مشترک انسان و حیوان
2. انجام اقدامات و هماهنگی های لازم با واحدهای تابعه استانی برای شناسایی کانون بیماری‌های دامی و عوامل مؤثر در وقوع و انتشار آن‌ها.
3. سیاست گذاری ، برنامه ریزی ونظارت برای تامین بهداشت دام از طریق کنترل، پیشگیری و ریشه کنی بیماری‌های واگیردار و قرنطینه ای دام.
4. انجام اقدامات وهماهنگی های لازم برای مبارزه با بیماری‌های مشترک دام بین انسان و حیوان با همکاری وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی و سایر مراجع ذیصلاح.
5. سیاست گذاری، برنامه ریزی ، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی برای ورود و خروج و نقل و انتقال دام و فرآورده‌های دامی( ملی و بین المللی) و صدور مجوزهای بهداشتی مرتبط.
6. سیاست گذاری، برنامه ریزی، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی درکارخانه‌های تولید خوراک دام ،کشتارگاه ها وکارخانه های تولید وفرآوری محصولات دامی با هماهنگی دستگاه های ذیربط.
7. بازرسی و کنترل کیفی بهداشتی فرآورده‌های خوراکی دام از مرحله تولید تا توزیع(از مزرعه تا سفره مصرف کننده) .
8. سیاست گذاری، برنامه ریزی، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی درمحیط های زندگی،پرورش ونگهداری دام وسایرتاسیسات مربوطه.
9. سیاست گذاری، برنامه ریزی و نظارت بر اقدامات اجرایی کنترل و پیشگیری بیماری‌های غیر واگیر از جمله بیماری‌های متابولیک ، مسمومیت ها و...
10. مدیریت اجرای برنامه های ملی، منطقه ای و بین المللی برای کنترل ، پیشگیری و ریشه کنی بیماری‌های فرامرزی باهماهنگی واحدهای ذی ربط.
11. راه اندازی شبکه ملی تجزیه و تحلیل خطرات احتمالی برای جلوگیری از ورود عوامل بیماری زا به داخل‌کشور.
12. سیاست گذاری، برنامه ریزی و مدیریت بحران و واکنش های سریع برای بهداشت دام و ایمنی مواد غذایی در سطح ملی.
13. سیاست گذاری، برنامه ریزی و نظارت بر اقدامات پیشگیرانه و کنترلی بیماری‌های واگیر دار و قرنطینه ای در حیوانات وحشی و پرندگان آزادپرواز با همکاری مراجع داخلی و بین المللی مرتبط .
14. سیاست گذاری و تعیین انواع مختلف حیوانات خانگی بی خطر برای جامعه و اعمال ضوابط بهداشتی و راهبری مراکز بهداشتی درمانی بخش غیر دولتی دامپزشکی برای صدور شناسنامه این حیوانات و ایمن سازی مستمر آنان در برابر بیماری‌های واگیردار.
15. برنامه ریزی ومدیریت شبکه ملی ثبت انواع داروها ، فرآورده‌های بیولوژیک، واکسن ها، سرم ها ضد عفونی ها ، سموم و مواد بیولوژیک و مواد اولیه.
16. سیاست گذاری و تعیین ضوابط تولید و پرورش حیوانات آزمایشگاهی و استاندارد گذاری آنان و تدوین مقررات و آیین نامه های لازم و اعمال انان برای پرهیز و اجتناب از آزار حیوانات و به حداقل رساندن مطالعات in vivo (حیوانات زنده).